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1) Shu Li#, Lu Peng#, Liuqing Chen#, Linjie Que, Wenqingqing Kang, Xiaojun Hu, Zengru Di, Yu Liu*. Discovering highly bioactive peptides via ladderpath theory-based hierarchical reconstructor and molecular dynamics simulations. Journal of Chemical Information and Modeling 64: 8164-8175 (2024).
2) Lu Peng, Zecheng Zhang, Xianyi Wang, Weiyi Qiu, Liqian Zhou, Hui Xiao, Chunxiuzi Liu, Shaohua Tang, Zhiwei Qin, Jiakun Jiang, Zengru Di, Yu Liu*. Theoretical perspective on synthetic man-made life: Learning from the origin of life. Quantitative Biology 11: 376-394 (2023).
3) Zecheng Zhang, Chunxiuzi Liu, Yingjun Zhu, Lu Peng, Weiyi Qiu, Qianyuan Tang, He Liu, Ke Zhang, Zengru Di, Yu Liu*. Evolutionary Tinkering Enriches the Hierarchical and Interlaced Structures in Amino Acid Sequences. Physical Review Research 6: 023215 (2024).
4) Lu Peng, Jun Tang*, Jun Ma, Jingmin Luo. The influence of Autapse on Synchronous firing in Small-World Neural Networks. Physica A 594: 126956 (2022).
5) Lu Peng, Jun Tang*. Unpinning the spiral waves by using parameter waves. Chinese Physics B 30: 058202 (2021).
6) Xudong Wang, Lu Peng, Jun Tang*. Understanding noise-controlled 2D bistable switch by approximating 1D potential. Nonlinear Dynamics 104: 1405-1414 (2021).注:#代表共同第一作者,*代表通讯作者
会议
1) 2024.10 中国物理学会2024秋季学术会议(口头报告)
2) 2024.07 第18届Q-Bio国际定量生物学会议(海报宣讲)
3) 2023.12 北京师范大学2023交叉学科论坛暨非线性科学理论应用前沿研讨会(志愿服务)
4) 2023.08 参与并通过昆明理工大学2023 年“复杂物理系统的挑战与新机遇”暑期研讨班
5) 2023.07 第七届全国统计物理与复杂系统会议(海报宣讲)
6) 2023.05 第七届中国系统科学大会(口头报告)
7) 2023.05 第六届江苏物理春季学术会议(口头报告)
8) 2022.11 十八届全国复杂网络学术会议(志愿服务)
9) 2021.12 第六届北京软物质科学与工程论坛会议(口头报告)
10) 2021.10 中国物理学会2020/2021秋季会议(海报宣讲)主要关注点
多肽药物,AI for protein,蛋白质语言
多肽药物
使用梯径方法解构多肽,再通过PepHiRe重构多肽,生成“相似但不同”的新多肽。
AI for protein
蛋白质的结构决定功能,是否可以对每个domain进行功能阐述,从而定向设计蛋白?
蛋白质语言
蛋白质或许也是一种语言,是否可以找到一种token的方式,让神经网络更好的了解这门语言
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